A. fuscocaudatus có chiều dài cơ thể tối đa được ghi nhận là 14 cm[4]. Thân của A. fuscocaudatus có màu nâu sẫm, gần như là đen, trừ vùng mõm, ngực và bụng có màu vàng da cam, bao gồm cả vây hậu môn và vây bụng. Vây lưng và vây đuôi màu sẫm nâu; đuôi có các vệt trắng[5].

A. fuscocaudatus có kiểu màu khá tương đồng với loài Amphiprion chrysogaster, nhưng vây đuôi của A. fuscocaudatus có màu nâu/đen hoàn toàn với viền trắng ở rìa[5].

Số gai ở vây lưng: 11; Số tia vây ở vây lưng: 15–16; Số gai ở vây hậu môn: 2; Số tia vây ở vây hậu môn: 14[4].